बच्चे उसे बड़े घर तक ले जाते हैं जहाँ उसकी मुलाकात मिस पेरेग्रिन से होती है। वह जैकब का ऐसे स्वागत करती हैं जैसे उन्हें पहले से मालूम था कि एक दिन वह जरूर आएगा। वह एक-एक बच्चे से उसका परिचय करवाती हैं। इसी दौरान जैकब एमा से मिलता है। बातचीत में पता चलता है कि एमा कभी इब्राहिम से बहुत प्यार करती थी। इब्राहिम ने एक समय इस जगह को छोड़ दिया और बाद में उनके खत भी धीरे-धीरे बंद हो गए। फिर भी एमा जैकब से कोई शिकायत नहीं रखती।
शाम के खाने में जैकब इनॉक से मिलता है। इनॉक के अंदर मृत जीवों को कुछ समय के लिए दोबारा जिंदा करने की शक्ति है। मगर वह जैकब को पसंद नहीं करता। उसकी नजर में इब्राहिम ने बच्चों और इस जगह को छोड़कर गलती की थी और अब उसका पोता यहाँ आकर उसी पुराने घाव को खोल रहा है।
हर रात गिरने वाला वही बम
जैकब लौटने की तैयारी करता है तो बच्चे कहते हैं कि जाने से पहले उसे इस जगह का सबसे बड़ा रहस्य देखना चाहिए। सब घर के बाहर जमा होते हैं और चेहरे पर मास्क पहन लेते हैं। कुछ समय बाद आसमान में दूसरे विश्व युद्ध के युद्धक विमान दिखाई देते हैं। वे सीधे घर की ओर बढ़ते हैं। जैकब डर जाता है। एक विमान घर पर बम गिराता है।
लेकिन बम टकराने से ठीक पहले मिस पेरेग्रिन अपनी खास घड़ी और शक्ति का इस्तेमाल करती हैं। अगले ही पल समय पीछे चला जाता है और वही दिन फिर सुबह से शुरू हो जाता है। यही उनका कालचक्र है। हर दिन केवल 3 सितंबर 1943 रहता है। रात के अंत में बम गिरने से पहले मिस पेरेग्रिन समय को वापस घुमा देती हैं और बच्चे कभी उम्रदराज नहीं होते।
बाहर की वास्तविक दुनिया में दशकों गुजरते रहते हैं, मगर कालचक्र के भीतर रहने वालों के लिए वही दिन बार-बार दोहरता है। अब जैकब समझता है कि आज भी बच्चे उसी उम्र में कैसे हैं और इब्राहिम के पुराने दिनों की एमा वैसी ही क्यों दिखाई देती है। उसे यह भी समझ आता है कि दादाजी ने मौत से पहले ठीक यही तारीख क्यों बताई थी।
कुछ समय बाद जैकब गुफा से वापस अपनी दुनिया, यानी 2016 में लौट जाता है। अपने कमरे में पहुँचकर वह एक पत्र निकालता है जिसे वह मिस पेरेग्रिन के घर से चुपके से ले आया था। वह पत्र इब्राहिम ने मिस पेरेग्रिन के नाम लिखा था। उसमें चेतावनी थी कि मिस्टर बैरन के लोग इंग्लैंड के एक दूसरे कालचक्र के पास देखे गए हैं और दुश्मन जल्द बाकी सुरक्षित कालचक्रों तक भी पहुँच सकता है। बच्चों को बचाने के लिए नया और सुरक्षित कालचक्र बनाना जरूरी होगा।
जैकब की अपनी शक्ति
अगले दिन जैकब पत्र लेकर फिर कालचक्र में जाता है। वह मिस पेरेग्रिन को बताता है कि इब्राहिम की मौत जंगली जानवर से नहीं हुई। किसी चीज ने उनका पीछा किया था। वह पूरी सच्चाई जानना चाहता है। मिस पेरेग्रिन पहले उसे बिना अनुमति पत्र उठाने के लिए डाँटती हैं, मगर समझ जाती हैं कि अब उससे सच छिपाना संभव नहीं।
एमा जैकब को एक अलग जगह ले जाती है, जहाँ मिस पेरेग्रिन किसी चीज का इंतजार कर रही हैं। कुछ देर बाद एक भयावह अदृश्य दैत्य वहाँ आता है। बाकी बच्चों को वह दिखाई नहीं देता, लेकिन जैकब उसे साफ देख सकता है। मिस पेरेग्रिन हमला करके उसे मार देती हैं।
एमा तुरंत जैकब से पूछती है कि क्या उसने जीव देखा था। उसके हाँ कहते ही वह बताती है कि यही उसकी असली विशेष शक्ति है। वह उन अदृश्य दैत्यों को देख सकता है जिन्हें बाकी पिकुलियर बच्चे नहीं देख पाते। इब्राहिम में भी यही क्षमता थी। मिस पेरेग्रिन बताती हैं कि उन्हें जैकब के जन्म से ही उसकी शक्ति का पता था, लेकिन इब्राहिम चाहते थे कि पोता पहले सामान्य जीवन जिए। इसी कारण उसे अठारहवें जन्मदिन से पहले इस राज से दूर रखा गया।
बैरन और अदृश्य दैत्यों की कहानी
मिस पेरेग्रिन एक पुरानी किताब के जरिए इतिहास समझाती हैं। बहुत समय पहले कुछ पिकुलियर लोग कालचक्र में रहते-रहते थक गए थे। वे चाहते थे कि समय से बाहर भी हमेशा जवान रहें। उनकी सोच थी कि एम्ब्रिन की शक्तियों का प्रयोग करके अमरता हासिल की जा सकती है। इस समूह का नेता बैरन था।
बैरन ने एक एम्ब्रिन को पकड़कर उस पर खतरनाक प्रयोग किया। योजना सफल होने के बजाय विनाशकारी साबित हुई। बैरन और उसके साथी भयानक अदृश्य दैत्यों में बदल गए। बाद में उन्हें पता चला कि विशेष बच्चों की आँखें खाने से वे कुछ समय के लिए मानव रूप वापस पा सकते हैं। तभी से वे अलग-अलग कालचक्रों की तलाश करके बच्चों का शिकार करने लगे।
इसी दौरान एक दूसरी एम्ब्रिन भयभीत हालत में वहाँ पहुँचती है। वह बताती है कि बैरन ने उसके कालचक्र का पता लगा लिया, लगभग सभी बच्चों को मार दिया और अब कोई भी कालचक्र पूरी तरह सुरक्षित नहीं है। बैरन पहले से ज्यादा ताकतवर हो चुका है और अब बच्चों के साथ एम्ब्रिन भी उसका निशाना हैं। मिस पेरेग्रिन तुरंत फैसला करती हैं कि बच्चों को जल्द से जल्द नया सुरक्षित कालचक्र ढूँढना होगा।
जैकब इस लड़ाई का हिस्सा बनने से डरता है। उसे लगता है यह उसकी दुनिया नहीं और वह बिना कुछ कहे वापस 2016 में लौट आता है। लेकिन वहाँ रास्ते में उसे एक ऐसी लाश मिलती है जिसकी हालत बिल्कुल इब्राहिम जैसी है। अब उसे यकीन हो जाता है कि अदृश्य दैत्य उसकी अपनी दुनिया तक पहुँच चुके हैं। वह बिना समय गंवाए फिर गुफा की ओर भागता है। उसे पता नहीं कि कोई उसका पीछा कर रहा है।
मनोचिकित्सक का असली चेहरा
गुफा तक पहुँचने पर एक आदमी उसके पीछे आता है। पहले वह सामान्य इंसान की तरह बात करता है, फिर उसका चेहरा बदलने लगता है। जैकब स्तब्ध रह जाता है, क्योंकि वही व्यक्ति उसकी मनोचिकित्सक का रूप धारण करके इतने दिनों से उसके करीब था। उसका असली नाम बैरन है।
बैरन जैकब को बंदी बनाकर मिस पेरेग्रिन के घर ले जाता है। वह साफ धमकी देता है कि अगर मिस पेरेग्रिन ने खुद को उसके हवाले नहीं किया तो जैकब जिंदा नहीं बचेगा। मिस पेरेग्रिन अच्छी तरह जानती हैं कि जैकब बच्चों के लिए कितना महत्वपूर्ण है, क्योंकि अब वही अकेला इंसान है जो अदृश्य दैत्यों को देख सकता है। बच्चों की जान बचाने के लिए वह अपनी इच्छा से पक्षी का रूप धारण करती हैं। बैरन उन्हें पिंजरे में बंद कर लेता है।
जाने से पहले मिस पेरेग्रिन जैकब की ओर देखकर एक ही जिम्मेदारी सौंपती हैं—अब बाकी बच्चों की सुरक्षा उसके हाथ में है। बैरन उन्हें लेकर चला जाता है। दूसरी एम्ब्रिन बच्चों को सुरक्षित निकालने की कोशिश करती है, लेकिन अफरातफरी में एक अदृश्य दैत्य हमला कर देता है। जैकब और बच्चे किसी तरह घर से बाहर निकलते हैं।
उसी समय आसमान में वही युद्धक विमान लौट आते हैं। इस बार मिस पेरेग्रिन मौजूद नहीं, इसलिए समय को वापस घुमाने वाला कोई नहीं। बम सीधे घर पर गिरता है और पूरा अनाथालय धमाके में नष्ट हो जाता है। बच्चे पहले बाहर निकल चुके होते हैं इसलिए बच जाते हैं। धमाके में वहाँ मौजूद एक अदृश्य दैत्य भी खत्म हो जाता है। मगर अब उनका सुरक्षित घर और कालचक्र टूट चुका है।
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